Ян Марек родился 31 декабря 1979 года в Жиндршичув Градец, Чехия. Его рост 179 см, вес 85 кг.
Выступал в клубах: «Вайгар» (Жиндршичув Градец, Чехия), «Слезан» (Опава, Чехия), «Зелезарни» (Тринец, Чехия), «Спарта» (Прага, Чехия), «Металлург» (Магнитогорск), ЦСКА (Москва).
Ян - воспитанник чешского хоккея. В сезоне 1995-96, играя за скромный «Вайгар» из родного Жиндршичув Градеца, был признан лучшим игроком юношеской лиги. Свою профессиональную карьеру Марек начал в хоккейном клубе «Зелезарни Тринец». В сезоне 2002-03 Ян набрал 62 очка и забил 32 гола, став лучшим снайпером экстралиги, после чего в 2003 году был задрафтован «Рейнджерс» в восьмом раунде, под общим 243 номером. Однако Ян продолжил выступления за «Тринец». В сезоне 2004-05 он был арендован «Спартой». В составе пражского клуба Марек принял участие в кубке Шпенглера, но затем вернулся в свой клуб, чтобы сыграть плей-офф.
В сезоне 2005-2006 Марек подписал контракт со «Спартой», но провел там лишь один сезон: в играх за сборную Чехии Марек приглянулся руководству магнитогорского «Металлурга», и, уже в статусе чемпиона Чехии, перешел в уральский клуб.
В магнитогорском «Металлурге» Ян провел четыре сезона. После завершения контракта с «Металлургом» Ян Марек подписал соглашение с ЦСКА.
В нынешнем сезоне в составе ЦСКА Марек провёл 46 матчей и набрал 38 (14 + 24) очков.
С 29 января 2011 года игрок ХК «Атлант» Московская область.
Новичок «Атланта» Ян Марек может дебютировать в составе свой новой команды уже в матче с «Автомобилистом» 30 января. Он получил свитер с 51-м номером и готов выйти на лёд.
Достижения
Чемпион Мира в составе сборной Чехии 2010 года в Германии - 9 матчей, 3 шайбы
Участник трех Чемпионатов Мира - 20 матчей, 7 шайб + 4 передачи
Чемпион Чехии 2005/06 года в составе пражской «Спарты»
Лучший бомбардир и самый полезный игрок Чехии сезона-2005/06.
Чемпион Суперлиги сезона - 2006/07 в составе магнитогорского «Металлурга»
Обладатель Кубка европейских чемпионов - 2007/08 в составе магнитогорского «Металлурга»
Лучший снайпер Чехии сезона-2002/03.
В сезоне 2008-2009 года чех стал лучшим снайпером КХЛ, забросив 35 шайб в 53 играх. Он также установил личный рекорд по системе гол + пас, набрав 72 очка.