Является воспитанником латвийской хоккейной школы. Выступал на позиции вратаря.

Игра Сергея Наумова запомнилась, может быть, своей внешней неброскостью, зато надежностью. Не зря он заслужил славу одного из самых известных хоккейных вратарей за всю историю спорта в Латвии (как известно, в латвийском хоккее было много высококлассных вратарей, среди которых необходимо упомянуть Артура Ирбе, Хирийса Меллупса, Михаила Василенка).

Голкипер представлял сборную Латвии на двенадцати (!!!) чемпионатах мира и трех Олимпийских играх (в 2002, 2006 и 2010 годах).

Наумов начал свою профессиональную карьеру в 1987 году в «Динамо» Рига.

В период с 1991 по2008 год сменил большое количество клубных команд.

Играл в Североамериканских лигах: юниорской Западной хоккейной лиге (WCHL), интернациональной хоккейной лиге (IHL), хоккейной лиге Восточного побережья (ECHL), центральной хоккейной лиге (CHL).

Выступал на клубном уровне в чемпионатах: Швеции («Лександ» и «Дюргарден»), Италии («Больцано»), Белоруссии («Гомель»), России (СКА, ЦСКА, «Салават Юлаев», «Химик» Воскресенск, «Северсталь», «Витязь» Чехов и «Торпедо» Нижний Новгород).

Однако когда стало известно, что рижское «Динамо» возрождается и примет участие в первом сезоне в Континентальной хоккейной лиге (2008/2009). Наумов без раздумий откликнулся на предложение родного клуба, который дал голкиперу путевку в спортивную жизнь.

По завершению сезона Сергей Наумов переехал в Белоруссию, где в то время выступал фарм-клуб рижан «Динамо Рига-юниор». Отыграв сезон 2009/10, Сергей Наумов принял решение о завершении профессиональной спортивной карьеры и перешел на тренерскую работу.

После окончания карьеры игрока Наумов стал работать тренером вратарей в молодежной и первой сборной Латвии и «Динамо» Рига (до лета 2012 года).

После того, как в сезоне 2012/13 рижское «Динамо» привлекло к сотрудничеству финского специалиста по работе с вратарями Мику Тарвайнена, Сергей Наумов остался без работы.

Но ненадолго. Наумов вскоре подписал соглашение на то время с новичком КХЛ — донецким «Донбассом», где успешно трудился на протяжении двух сезонов.

10-го июля 2014 года официально назначен тренером вратарей ХК «Атлант» Московская область.