К 2068 году мировая безопасность поддерживается суперэффективной международной спецслужбой «Спектрум» (Spectrum). Служащим в этой организации присваиваются кодовые имена — цвета. В соответствующий цвет окрашивается и форма служащего.

Злополучная миссия землян началась в 2068 году, когда людям с Марса стали поступать таинственные сигналы, исходившие от Мистеронов, безжалостного инопланетного разума. «Спектрум» отправил своих лучших агентов — Капитана Скарлета и Капитана Блэка, чтобы те изучили сигналы.

Прибыв на место агенты обнаружили Инопланетный Город. Приняв сканирующее устройство инопланетян, которые называли себя Мистеронами, за снаряд, Капитан Блэк открыл огонь, полностью уничтожив город. Используя свою невероятную способность к ретрометаболизму — восстановлению материи — Мистероны восстановили город и поклялись отомстить землянам за их несправоцированное нападение. Это противостояние приняло форму психологической войны. Мистероны использовали свои способности влиять на людей, транспортные средства и неодушевленные предметы, которые впоследствии попадали под их контроль. Но не все мистероны были за войну. Некоторые хотели помочь землянам, безуспешно.

Первый агент Мистеронов на Земле — Капитан Блэк. Он был воссоздан из тела настоящего агента Спектрума.

Весь персонал, силы и средства Спектрума были мобилизлованы, чтобы сражаться с угрозой Мистеронов. Эта борьба повлияла на судьбу одного человека, сделав его неуязвимым — Капитана Скарлета. Убитый во время первого нападения Мистеронов, Скарлетт был воскрешен ими, чтобы стать орудием уничтожения, но власть Мистеронов над ним была потеряна после того, как он провалился сквозь энергетический трубопровод в технической секции на Базе. Сохраняя воспоминания прежнего человека, его личность и преданность, новый Капитан Скарлетт также сохранил способность выживать после повреждений, которые стали бы смертельными для другого человека, делая его самым большим оружием Спектрума в их непрерывной войне против угрозы с Марса.